海生馆最具代表性的特色之一，就是透过台湾水域馆，完整呈现台湾从高山溪流、河川中下游、河口到海洋的水域生态环境。
台湾虽然面积不大，但由於地形及气候条件多样，因此拥有非常丰富的水域生态。
从高山溪流中的淡水鱼类，到河口地区的生物，再到海洋中的珊瑚礁鱼类，都具有不同的生存环境与生态特色。
海生馆透过模拟自然环境及生物展示，让参观者可以沿着水的旅程，逐步认识台湾各种不同的水域生态。
其中，大洋池更是台湾水域馆相当具有代表性的展示空间，可以近距离欣赏大型海洋生物在水中悠游的景象。
这种由山到海的展示方式，让民众能够建立完整的水域生态概念，也能理解河川、海岸与海洋环境之间的连结。
二结合大型水族展示与海洋生物保育
海生馆另一项重要特色，就是透过大型水族展示，让民众近距离观察各种海洋生物。
馆内展示包含珊瑚、热带鱼类、鲨鱼、魟鱼、海洋哺乳类及其他不同种类的水中生物，让参观者能够透过实际观察，了解海洋生物的外观、生活习性及生态特徵。
例如，在珊瑚王国馆中，可以看到丰富的珊瑚礁生态及各种热带鱼类；在世界水域馆中，则可以认识海豹、企鹅及其他不同水域环境中的生物。
除了展示之外，海生馆也重视海洋生物研究及保育教育，希望透过展示让民众理解生物多样性的重要性，以及海洋污染、气候变迁及栖地破坏对海洋生物所造成的影响。
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