这里邻近垦丁国家公园，周边拥有丰富的海岸地形与海洋生态资源，具有发展海洋生物研究及环境教育的良好条件。
经过多年的规划与兴建，民国89年2000年2月25日，海生馆的第一座主要展示馆「台湾水域馆」正式开馆，开始对外提供参观服务。同年7月，馆内水族馆部门委由专业团队经营管理，开启公立博物馆与民间专业团队合作的经营模式。
随着馆务发展，海生馆陆续完成「珊瑚王国馆」及「世界水域馆」的规划与开放，逐渐形成目前以多元海洋生态展示为核心的博物馆园区。
其中，世界水域馆更结合水族展示与数位影像科技，将古代海洋、海藻森林、深海及极地等不同环境呈现在参观者眼前，让民众不必真正深入海底，也能透过展示体验认识人类较难接触的海洋世界。
近年来，海生馆也持续投入海洋生物研究、海洋环境教育及生物保育工作，并透过研究船、水下探测设备及教育推广活动，拓展海洋科学研究的范围。
此外，海生馆也积极推动海洋教育中心、研究资源及典藏展示空间的发展，让博物馆不再只是民众参观的场所，也能成为海洋研究及海洋教育的重要基地。
海生馆成立的主要目的，是希望透过展示、教育、研究、蒐藏及保育等多元功能，让民众亲近海洋、认识海洋，并进一步理解海洋生物与人类生活之间的密切关系。
因此，海生馆的成立不仅是台湾海洋教育发展的重要里程碑，也代表着台湾逐渐重视海洋科学研究、生态保育及海洋环境永续发展。
二、博物馆值得一说的特别之处
国立海洋生物博物馆与一般博物馆最大的不同，在於它不只是展示海洋生物，更将海洋生态、科学研究、数位科技、环境教育及生物保育结合在一起，具有以下几项值得介绍的特色。
一以台湾水域生态为核心，呈现从高山到海洋的自然环境
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